Sắp xếp thẳng hàng trình tự (tiếng Anh là sequence alignment) là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa. Các trình tự này có thể được xen bằng các khoảng trống (thường được diễn tả bằng các gạch nối ngang) tại các vị trí có thể để làm sao tạo thành các cột giống nhau (identical) hoặc tương tự nhau (similar).
tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt
|||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||
tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt
Phương pháp này thường được dùng để nghiên cứu sự tiến hóa của các trình tự từ một tổ tiên chung, đặc biệt là các trình tự sinh học như trình tự protein hoặc trình tự DNA. Các bắt cặp không đúng trong trình tự tương ứng với các đột biến và các khoảng trống tương ứng với phần thêm vào hoặc xóa đi. Cũng có thể sử dụng sắp xếp thẳng hàng trình tự để nghiên cứu nhiều vấn đề khác như sự tiến hóa ngôn ngữ và độ tương đồng trong các văn bản.
Thuật ngữ "sắp xếp thẳng hàng trình tự" cũng chỉ quá trình tạo ra sự sắp xếp này hay tìm ra các cách sắp xếp tốt nhất trong cơ sở dữ liệu gồm các trình tự riêng biệt.
Sắp gióng cột đôi một (Pairwise alignment)
Sắp gióng cột đôi một là phương pháp phục vụ cho việc tìm kiếm một trình tự sắp gióng cột toàn bộ hay (cục bộ) mà trùng khớp nhất của các chuỗi protein (amino acid) hay DNA (nucleic acid).
Thông thường, mục đích của nó là tìm ra (mối quan hệ) đồng đẳng của một gene hay một sản phẩm-gên trong một cơ sở dữ liệu các thông tin mẫu đã có sẵn. Thông tin này là hữu ích để trả lời một loạt các câu hỏi sinh học khác nhau. Ứng dụng quan trọng nhất của sắp gióng cột đôi một là để xác định các chuỗi có cấu trúc hay chức năng chưa biết. Một ứng dụng quan trọng khác là trong việc nghiên cứu tiến hóa phân tử.
Sắp gióng cột toàn bộ (Global alignment)
Sắp gióng cột toàn bộ giữa hai trình tự là một phương pháp trong đó toàn bộ ký tự trên hai trình tự tham gia vào quá trình sắp xếp. Phương pháp này thường được áp dụng để tìm các trình tự tương cận gần. Khi các trình tự này cũng dễ dàng xác định bằng phương pháp sắp gióng cột cục bộ, các phương pháp sắp gióng cột toàn bộ không được xem như một kỹ thuật. Hơn nữa, có một số mô hình tiến hóa phân tử như xáo trộn miền (domain shuffling) làm trở ngại tính ững dụng của các phương pháp này.
Sắp gióng cột cục bộ (Local alignment)
Sắp gióng cột cục bộ là phương pháp nhằm tìm kiếm các vùng có quan hệ bên trong các chuỗi - hay nói cách khác là chúng có chứa một tập con các ký tự (tạo bởi A, T, X, G) bên trong chuỗi. Ví dụ, vị trí 20-40 của chuỗi A có thể được sắp gióng cột với vị trí 50-70 của chuỗi B.
Đây là kĩ thuật linh hoạt hơn sắp trình từ toàn bộ và có thuận lợi là các vùng liên quan xuất hiện ở các trật tự khác nhau ở hai protein (hay còn biết tới với tên là xáo trộn miền) có thể được xác định. Điều này là không thể đạt được với phương pháp sắp gióng cột toàn bộ.
Tính chính xác của sắp gióng cột
Nơi thông thường xảy ra việc sắp xếp trình tự là ở cơ chế của sự tiến hóa phân tử. DNA mang các nguyên liệu di truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác, bằng cơ chế tự phân đôi bán bảo toàn của nó. Các thay đổi trong nguyên liệu đó là do các sai sót hay đột biến trong quá trình phân đôi, hoặc do virut và các cơ chế khác đôi khi dịch chuyển các chuỗi con bên trong nhiễm sắc thể và giữa các cá thể độc lập nhau. Kết quả là, một sắp xếp giữa các chuỗi cho thấy rằng chuỗi đó xuất phát từ cùng một tổ tiên chung thì chứa các chuỗi con trùng nhau. Trong trường hợp chuỗi di truyền, nó nhấn mạnh rằng chúng cùng mang thông tin của cùng một tổ tiên chung.
Xem xét nơi xảy ra để biết xác suất xảy ra của các sự kiện này, chúng ta có thể ước lượng thời gian khi một chuỗi đi trệch ra khỏi tổ tiên chung hay thời gian cần thiết để một chuỗi có thể trở thành một chuỗi mới hoàn toàn. Tuy nhiên, vẫn có sự bất đồng về giá trị và ứng dụng tự nhiên của các xác suất đối với sự tiến hóa sinh học. Một hướng suy nghĩ cho rằng chỉ có thể xảy ra các thay đổi đơn giản, với tỉ lệ cố định (ứng dụng của Occam's Razor) trong khi một hướng khác cho rằng chỉ cần giai đoạn tiến hóa ngắn khi có các thay đổi cực kì lớn.
Sắp gióng cột cấu trúc (Structural alignment)
Sắp gióng cột nhiều trình tự (Multiple alignment)
Các giải thuật
Phần mềm
👁️
1 | 🔗 | 💖 | ✨ | 🌍 | ⌚
**Sắp xếp thẳng hàng trình tự** (tiếng Anh là sequence alignment) là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa. Các trình tự này có thể
Trong toán học, bất phương trình được định nghĩa thông qua khái niệm hàm mệnh đề (mệnh đề chứa biến). Bài này trình bày một cách đơn giản nhất về các bất phương trình. ##
nhỏ|Một [[thụ thể giảm đau|thụ thể giảm đau μ bắt cặp với G protein với chất kích thích của nó.]] nhỏ|Một cấu trúc với bảy đoạn xoắn ốc α nằm trong lớp màng tế bào
Trong nhiệt động lực học, một **quá trình tự phát** là một quá trình xảy ra mà không cần tới vật chất hay năng lượng điện cấp vào hệ. Một quá trình tự phát trong
nhỏ|phải|[[Tháp Chủ Thể ở Bắc Triều Tiên với hình ảnh công nhân (cầm búa), nông dân (cầm liềm) và trí thức tiểu tư sản (cầm bút) là ba lực lượng chủ thể của cách mạng
**Đại Kim tự tháp Giza** là Kim tự tháp Ai Cập lớn nhất và là lăng mộ của Vương triều thứ Tư của pha-ra-ông Khufu. Được xây dựng vào đầu thế kỷ 26 trước Công
Trong di truyền học, **trình tự tắt** hay **silencer** là một trình tự DNA có khả năng gắn với các yếu tố điều chỉnh phiên mã, được gọi là chất ức chế. DNA chứa gen
**Trình tự Shine–Dalgarno** (**SD**) là một vị trí gắn kết ribosome trong RNA thông tin ở vi sinh vật cổ và vi khuẩn, thường nằm xung quanh 8 base ở ngược dòng so với AUG
liên_kết=https://en.wikipedia.org/wiki/File:Gene_enhancer.svg|nhỏ|262x262px Trong di truyền học, **trình tự tăng cường** hay **enhancer** là một đoạn DNA ngắn (50–1500 bp) có thể được gắn với các protein (các chất hoạt hóa) giúp làm tăng khả năng phiên
VIÊN NGẬM TRẮNG DA CAO CẤP GLUTATHIONE TỪ ITALY 1️⃣ Tên quốc tế: GLUTATHIONE 100mg SUBLINGUAL TABLETS 2️⃣ Các quốc gia đã nhập khẩu: Singapore, Thailand, Trung Quốc, Philippine, Azerbaijan với tên gọi OXITION và
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
**C** là một ngôn ngữ mệnh lệnh được phát triển từ đầu thập niên 1970 bởi Dennis Ritchie để dùng trong hệ điều hành UNIX. Từ đó, ngôn ngữ này đã lan rộng ra nhiều
**Trịnh Tùng** (chữ Hán: 鄭松, 19 tháng 12 năm 1550 – 17 tháng 7 năm 1623), thụy hiệu **Thành Tổ Triết Vương** (成祖哲王), là vị chúa chính thức đầu tiên của dòng họ Trịnh dưới
**Pascal** là một ngôn ngữ lập trình cho máy tính thuộc dạng mệnh lệnh và thủ tục, được Niklaus Wirth phát triển vào năm 1970. Pascal là ngôn ngữ lập trình đặc biệt thích hợp
phải|nhỏ|402x402px|[[Mã nguồn của một chương trình máy tính đơn giản được viết bằng ngôn ngữ lập trình C. Khi được biên dịch và chạy, nó sẽ cho kết quả "Hello, world!".]] **Ngôn ngữ lập trình**
**Ai Cập** ( , , ), tên chính thức là nước **Cộng hòa Ả Rập Ai Cập**, là một quốc gia liên lục địa có phần lớn lãnh thổ nằm tại Bắc Phi, cùng với
**Chủ nghĩa tư bản** (Chữ Hán: 主義資本; tiếng Anh: _capitalism_) là một hệ thống kinh tế dựa trên quyền sở hữu tư nhân đối với tư liệu sản xuất và hoạt động sản xuất vì
thumb|[[Tượng Nhân sư lớn và Quần thể kim tự tháp Giza là những biểu tượng nổi bật nhất của nền văn minh Ai Cập cổ đại]] **Ai Cập cổ đại** là một nền văn minh
thumb|upright=1.3|Các [[hàm sóng của electron trong một nguyên tử hydro tại các mức năng lượng khác nhau. Cơ học lượng tử không dự đoán chính xác vị trí của một hạt trong không gian, nó
nhỏ|Chân dung [[Chủ tịch Hồ Chí Minh]] **Tư tưởng Hồ Chí Minh** là một hệ thống quan điểm và tư tưởng của Hồ Chí Minh trong sự nghiệp cách mạng của ông được Đảng Cộng
**Trịnh Giang** (chữ Hán: 鄭杠, 14 tháng 10 năm 1711 – 30 tháng 12 năm 1762), còn có tên khác là **Trịnh Khương** (鄭橿), hay **Trịnh Cường**, thụy hiệu là **Dụ Tổ Thuận vương** (裕祖順王),
**Trịnh Doanh** (chữ Hán: 鄭楹, 4 tháng 12 năm 1720 – 12 tháng 5 năm 1767), thụy hiệu **Nghị Tổ Ân vương** (毅祖恩王), là vị chúa Trịnh thứ 7 thời Lê Trung hưng trong lịch
**Trịnh Xuân Thanh** (sinh ngày 13 tháng 2 năm 1966 tại Hà Nội) từng là Đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam, giữ chức Tỉnh ủy viên (từ năm 2015), Phó Chủ tịch phụ trách
**Quy trình** (tiếng Hán: 規程- tiếng Anh: Procedure) là _trình tự_ (thứ tự, cách thức) thực hiện một hoạt động đã được _quy định_, mang tính chất bắt buộc, đáp ứng những mục tiêu cụ
nhỏ|228x228px|Cánh tay robot trong công nghiệp, một trong những ứng dụng của tự động hóa **Tự động hóa** hay **Điều khiển tự động** mô tả một loạt các công nghệ làm giảm sự can thiệp
Từ trường của một thanh [[nam châm hình trụ.]] **Từ trường** là môi trường năng lượng đặc biệt sinh ra quanh các điện tích chuyển động hoặc do sự biến thiên của điện trường hoặc
**Python** () là ngôn ngữ lập trình bậc cao đa năng. Triết lý thiết kế của nó nhấn mạnh khả năng đọc mã bằng cách sử dụng thụt lề đáng kể. Python có kiểu động
nhỏ|[[Muhammad Ali của Ai Cập|Muhammad Ali Pasha]] **Lịch sử Ai Cập dưới triều đại Muhammad Ali Pasha** (1805 - 1953) là một thời kỳ cải cách và hiện đại hóa nhanh chóng, khiến Ai Cập
**Cáp Nhĩ Tân** là một địa cấp thị và thủ phủ của tỉnh Hắc Long Giang ở phía Đông Bắc Trung Quốc. Cáp Nhĩ Tân là thành phố đông dân thứ 8 của Trung Quốc
**Chủ nghĩa tự do** là một hệ tư tưởng, quan điểm triết học, và truyền thống chính trị dựa trên các giá trị về tự do và bình đẳng. Chủ nghĩa tự do có nguồn
**Opera** là một trình duyệt web và cũng là một bộ phần mềm Internet được phát triển bởi Opera Software, hiện được hơn 270 triệu người sử dụng trên thế giới. Trình duyệt này bao
phải|nhỏ|Trình duyệt web ([[Safari) hiển thị trang web]] nhỏ|Ảnh chụp màn hình của trình duyệt web [[Mozilla Firefox]]**Trình duyệt web**, thường được viết tắt là **Trình duyệt**, là một ứng dụng để truy cập các
**Minh Tư Tông** (chữ Hán: 明思宗; 6 tháng 2 năm 1611 - 25 tháng 4 năm 1644) tức **Sùng Trinh Đế** (崇禎帝), là vị hoàng đế cuối cùng của triều đại nhà Minh và cũng
thumb|e-reader [[Amazon Kindle|Kindle Keyboard của Amazon đang hiển thị một trang e-book]] **Sách điện tử** (tiếng Anh: **electronic book**; viết tắt: **e-book** hay **eBook**), là một quyển sách được xuất bản và phát hành cho
phải|nhỏ|Các [[kim tự tháp Ai Cập ở quần thể kim tự tháp Giza, nhìn từ trên không. Quần thể này được xây dựng vào khoảng năm 2600 TCN.]] phải|nhỏ|Đền Prasat Thom ở [[Koh Ker, Campuchia]]
**Chủ nghĩa tự do cá nhân** hay **chủ nghĩa tự do ý chí** (tiếng Anh: _libertarianism_, từ tiếng Latinh: _liber_, tự do) là học thuyết triết học chính trị ủng hộ tự do như là
**Trịnh Căn** (chữ Hán: 鄭根, 18 tháng 7 năm 1633 Lúc nhỏ, Trịnh Căn chưa được xem là một ứng cử viên cho việc kế thừa ngôi Chúa, bởi bác cả của ông là Sùng
nhỏ|Một máy NCR Personas 75-Series, máy ATM đa chức năng ở Hoa Kỳ nhỏ|213x213px|[[Otto., một máy ATM Phần Lan]] nhỏ|Các máy ATM trong nhà có kích thước nhỏ hơn để thuận tiện cho việc chuyển
**Trịnh Cương** (chữ Hán: 鄭棡, 9 tháng 7 năm 1686 – 20 tháng 12 năm 1729), còn có tên khác là **Trịnh Chù**, thụy hiệu là **Hy Tổ Nhân vương** (禧祖仁王), là vị chúa Trịnh
**Lịch sử tư tưởng kinh tế** là lịch sử của các nhà tư tưởng và học thuyết kinh tế chính trị và kinh tế học từ thời cổ đại đến ngày nay. Lịch sử tư
**Hội chợ Điện tử Tiêu dùng** (tiếng Anh: **Consumer Electronics Show**, viết tắt: **CES**), trước kia được gọi chính thức là **Hội chợ Điện tử Tiêu dùng Quốc tế** (tiếng Anh: 'International CES') là một
**Môi trường tự nhiên** bao gồm tất cả các sinh vật sống và không sống có trong tự nhiên, có nghĩa là không phải là nhân tạo. Thuật ngữ này thường được áp dụng cho
**Tự nhiên** hay **thiên nhiên**, theo nghĩa rộng nhất, là thế giới hay vũ trụ mang tính vật chất. "Tự nhiên" nói đến các hiện tượng xảy ra trong thế giới vật chất, và cũng
phải|Biểu đồ hoạt động của một trình biên dịch lý tưởng. **Trình biên dịch** () hay **phần mềm biên dịch** là một chương trình máy tính làm công việc dịch một chuỗi các câu lệnh
thumb|_Eduskunta_, quốc hội của [[Đại công quốc Phần Lan (lúc đó là một phần của Nga), có quyền bầu cử phổ thông vào năm 1906. Một số tiểu bang và vùng lãnh thổ có thể