✨Acidobacteria

Acidobacteria là một ngành vi khuẩn mới được đề xuất gần đây, với các thành viên của nó là đa dạng về mặt sinh lý học và có mặt ở nhiều nơi, đặc biệt là trong đất, nhưng lại chưa có đủ đại diện trong nuôi cấy.

Các thành viên của ngành này là đa dạng về mặt sinh lý học, một số loài là ái acid, và lần đầu tiên được công nhận như là một nhóm riêng lần đầu tiên năm 1997. Loài đầu tiên của ngành này, Acidobacterium capsulatum, được phát hiện năm 1991. Các loài đáng chú ý khác có Holophaga foetida, Geothrix fermentans, Acanthopleuribacter pedis và Bryobacter aggregatus. Do mới được phát hiện gần đây và phần lớn vẫn chưa được nuôi cấy nên sinh thái học và trao đổi chất của các loài vi khuẩn này vẫn chưa được hiểu rõ.

Cũng do môi trường sống là đất tự nhiên của chúng, nhóm chưa phân loại II của Acidobacteria đã từng bị nhận dạng như là tác nhân gây ô nhiễm các thuốc thử của bộ công cụ tách chiết ADN, điều có thể dẫn tới sự xuất hiện có sai sót của chúng trong các bộ dữ liệu quần thể vi sinh vật (microbiodidea) hay bộ gen học tổng thể (metagenomics).

Phát sinh chủng loài

Phân loại hiện tại được chấp nhận dựa theo Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LPSN) và phát sinh chủng loài lấy theo LTP phiên bản 123 dựa trên ARN 16S ribosome của Dự án cây sự sống muôn loài.

Lưu ý:
♠ Các chủng tìm thấy tại NCBI nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LSPN)

Phân loại

• Chi ?Thermoanaerobaculum Losey et al. 2013 ** Loài Thermoanaerobaculum aquaticum Losey et al. 2013
• Chi ?"Thermotomaculum" ♠ Izumi et al. 2012 ** Loài "Thermotomaculum hydrothermale" ♠ Izumi et al. 2012
• Lớp Blastocatellia ♠ Pascual et al. 2015 Chi Chloracidobacterium Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium Bryant et al. 2007] Loài Chloracidobacterium thermophilum Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium thermophilum Bryant et al. 2007] Chi Pyrinomonas Crowe et al. 2014 Loài Pyrinomonas methylaliphatogenes Crowe et al. 2014 Bộ "Blastocatellales" ♠ Pascual et al. 2015 * Họ "Blastocatellaceae" ♠ Pascual et al. 2015 *** Chi Blastocatella Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015 Loài Blastocatella fastidiosa Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015 Chi Aridibacter Huber et al. 2014 **** Loài A. famidurans Huber et al. 2014 Loài A. kavangonensis Huber et al. 2014 Chi "Stenotrophobacter" ♠ Pascual et al. 2015 **** Loài "S. namibiensis" ♠ Pascual et al. 2015 Loài "S. roseus" ♠ Pascual et al. 2015 * Loài "S. terrae" ♠ Pascual et al. 2015 *** Chi "Tellurimicrobium" ♠ Pascual et al. 2015 Loài "Tellurimicrobium multivorans" ♠ Pascual et al. 2015
• Lớp Holophagae Fukunaga et al. 2008 Bộ Acanthopleuribacterales Fukunaga et al. 2008 * Họ Acanthopleuribacteraceae Fukunaga et al. 2008 *** Chi Acanthopleuribacter Fukunaga et al. 2008 Loài Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008 Bộ Holophagales Fukunaga et al. 2008 * Họ Holophagaceae Fukunaga et al. 2008 *** Chi Geothrix Coates et al. 1999 Loài Geothrix fermentans Coates et al. 1999 ** Chi Holophaga Liesack et al. 1995 *** Loài Holophaga foetida Liesack et al. 1995
• Lớp Solibacteres Chi Bryobacter Kulichevskaya et al. 2010 Loài Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010 Chi Paludibaculum Kulichevskaya et al. 2014 Loài Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014 Bộ "Solibacterales" * Họ "Solibacteraceae" *** Chi "Candidatus Solibacter" Ward et al. 2009 Loài "Candidatus Solibacter usitatus" Ward et al. 2009
• Lớp Acidobacteria Cavalier-Smith 2002 Bộ Acidobacteriales Cavalier-Smith 2002 * Họ Acidobacteriaceae *** Chi Acidicapsa Kulichevskaya et al. 2012 Loài A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (loài điển hình) * Loài A. ligni Kulichevskaya et al. 2012 *** Chi Acidobacterium Kishimoto et al. 1991 Loài Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991 Chi Acidopila Okamura et al. 2015 ["Acidopila" Okamura et al. 2011] **** Loài A. rosea Okamura et al. 2015 ["Acidopila rosea" Okamura et al. 2011] Loài A. dinghuensis Jiang et al. 2016 Chi Bryocella Dedysh et al. 2012 * Loài Bryocella elongata Dedysh et al. 2012 Chi Edaphobacter Koch et al. 2008 * Loài E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012 Loài E. dinghuensis Jiang et al. 2016 Loài E. modestus Koch et al. 2008 (loài điển hình) Chi "Candidatus Koribacter" Ward et al. 2009 * Loài "Candidatus Koribacter versatilis" Ward et al. 2009 Chi Occallatibacter Foesel et al. 2015 * Loài "O. riparius" ♠ * Loài O. savannae Foesel et al. 2015 *** Chi "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016 Loài "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016 Chi "Terracidiphilus" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016 * Loài "Terracidiphilus gabretensis" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016 Chi Terriglobus Eichorst et al. 2007 * Loài T. albidus Pascual et al. 2015 Loài T. aquaticus Baik et al. 2013 Loài T. roseus Eichorst et al. 2007 (loài điển hình) Loài T. saanensis Männistö et al. 2011 Loài T. tenax Whang et al. 2014 Chi Granulicella Pankratov& Dedysh 2010 emend. Männistö et al. 2012 **** Loài G. arctica Männistö et al. 2012 Loài G. cerasi Yamada et al. 2014 Loài G. mallensis Männistö et al. 2012 Loài G. sapmiensis Männistö et al. 2012 Loài G. tundricola Männistö et al. 2012 Loài G. paludicola Pankratov & Dedysh 2010 (loài điển hình) Loài G. pectinivorans Pankratov & Dedysh 2010 Loài G. aggregans Pankratov & Dedysh 2010 * Loài G. rosea Pankratov & Dedysh 2010 *** Chi Telmatobacter Pankratov & Dedysh 2012 Loài Telmatobacter bradus Pankratov & Dedysh 2012