Phát sinh chủng loại học (tiếng Anh: Phylogenetics /faɪlɵdʒɪnɛtɪks/, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp: φυλή, φῦλον - phylé, phylon = chủng loại, bộ tộc, bộ lạc, thị tộc, gia tộc; γενετικός - genetikós = phát sinh, nguồn gốc) là một ngành trong sinh học nghiên cứu về hệ thống phát sinh chủng loại, hay lịch sử tiến hóa, phát triển và các mối quan hệ giữa các nhóm sinh vật (ví dụ như loài, hoặc quần thể).
Chúng được phát hiện chủ yếu thông qua các ma trận dữ liệu phân tử, dựa trên trình tự axit nucleic và cấu trúc protein. Kết quả của một nghiên cứu phát sinh chủng loại học là một phát sinh chủng loại - một giả thuyết về lịch sử tiến hóa của các nhóm phân loại.
Các mối quan hệ này được giả thuyết bằng các phương pháp suy luận phát sinh loài đánh giá các đặc điểm di truyền quan sát được, chẳng hạn như trình tự DNA hoặc hình thái, thường theo một mô hình tiến hóa cụ thể của các đặc điểm này. Kết quả của phân tích như vậy là phát sinh chủng loại (còn được gọi là cây phát sinh chủng loại) — một giả thuyết sơ đồ về các mối quan hệ phản ánh lịch sử tiến hóa của một nhóm sinh vật.
Các ngọn của cây phát sinh loài có thể là đơn vị phân loại sống hoặc hóa thạch, và đại diện cho 'phần cuối', hoặc phần hiện tại, trong một dòng tiến hóa. Một sơ đồ phát sinh loài có thể có hoặc không có gốc rễ. Sơ đồ gốc cây cho biết tổ tiên chung giả định, hoặc dòng dõi tổ tiên, của cây. Một sơ đồ cây chưa được lấy gốc (một mạng lưới) không đưa ra giả định về dòng tổ tiên và không chỉ ra nguồn gốc hoặc "gốc rễ" của đơn vị phân loại được đề cập hoặc hướng của các phép biến đổi tiến hóa được suy ra.
Ngoài việc sử dụng thích hợp chúng để suy ra các kiểu phát sinh loài giữa các đơn vị phân loại, các phân tích phát sinh loài thường được sử dụng để thể hiện mối quan hệ giữa các bản sao gen hoặc các sinh vật riêng lẻ. Việc sử dụng như vậy đã trở thành trọng tâm để hiểu về đa dạng sinh học, tiến hóa, sinh thái học và hệ gen.
Xây dựng cây phát sinh chủng loại
Vai trò của hóa thạch
Bởi vì nhiều đặc trưng như phôi thai, hoặc mô mềm, hoặc các đặc trưng phân tử, rất khó có thể trở thành hóa thạch, dù là ở mức độ tốt nhất, và việc diễn giải các hóa thạch là mơ hồ hơn so với việc diễn giải các loài còn sinh sống, nên các loài đã tuyệt chủng gần như lúc nào cũng có tỷ lệ dữ liệu bị thiếu cao hơn so với những loài đang sinh sống. Tuy nhiên, bất chấp những hạn chế này, việc bao gồm các hóa thạch vẫn là vô giá, vì nó có thể cung cấp thông tin trong đoạn thưa thớt của cây tiến hóa, chia nhỏ các nhánh dài và ràng buộc các trạng thái đặc trưng trung gian. Vì vậy, các đơn vị phân loại hóa thạch cũng đóng góp nhiều vào việc phân giải cây tiến hóa như các đơn vị phân loại hiện đại. Các hóa thạch cũng có thể ràng buộc độ tuổi của các dòng dõi và bằng cách ấy chứng minh một cây tiến hóa phù hợp như thế nào với các dữ liệu địa tầng; miêu tả theo nhánh học địa tầng hợp nhất thông tin niên đại vào các ma trận dữ liệu cho các phân tích phát sinh chủng loại.
**Phát sinh chủng loại học** (tiếng Anh: _Phylogenetics_ /faɪlɵdʒɪnɛtɪks/, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp: φυλή, φῦλον - phylé, phylon = chủng loại, bộ tộc, bộ lạc, thị tộc, gia tộc; γενετικός - genetikós
**Phát sinh chủng loại phân tử** (tiếng Anh: Molecular phylogenetics, ) là chi nhánh của phát sinh chủng loại học; phân tích sự khác biệt di truyền phân tử, chủ yếu trên các trình tự
nhỏ|Hình 1: Một sơ đồ cây phát sinh sự sống hiện đại năm 2009. **Cây phát sinh sự sống** là sơ đồ hình cây thể hiện nguồn gốc, sự tiến hóa của tất cả các
nhỏ|phải|334 px|Cây phân loài của một nhóm sinh học. Phần màu đỏ và xanh dương là các _nhánh_ (i.e., nhánh hoàn chỉnh). Phần màu xanh lá không phải nhánh, nhưng đại diện cho một [[cấp
Trong phân loại sinh học, **Phân loại giới Động vật** cũng như phân loại sinh học là khoa học nghiên cứu cách sắp xếp các động vật sống thành các nhóm khác nhau dựa vào:
liên_kết=https://en.wikipedia.org/wiki/File:Vesalius-copy.jpg|thế=|nhỏ|357x357px|Một bức vẽ giải phẫu chi tiết trong cuốn _[[De humani corporis fabrica_ của Andreas Vesalius, vào thế kỷ XVI. Cuốn sách đã đánh dấu sự ra đời của bộ môn giải phẫu học.]] **Giải
**Động vật học** (tiếng Anh zoology ) là ngành khoa học nghiên cứu về giới Động vật bao gồm cấu trúc, phôi học, phân loại học, hành vi và phân bố của các động vật
nhỏ|Phòng thí nghiệm vi sinh vật học thực phẩm tại [[Khoa Công nghệ Thực phẩm, Đại học Khoa học Đời sống và Công nghệ Latvia|Khoa Công nghệ Thực phẩm, Đại học Khoa học Đời sống
thumb|upright=1.8|[[Cây phát sinh chủng loại năm 1990 liên kết tất cả các nhóm lớn của dạng sống với LUCA, dựa trên dữ liệu chuỗi RNA ribosome]] **Tổ tiên chung phổ quát cuối cùng** (; viết
**Cổ nhân loại học** hoặc **nhân học cổ đại** là một ngành khảo cổ học với trọng tâm nghiên cứu là con người . Cổ nhân loại học tìm hiểu sự phát triển trước đây
**Phân loại khoa học** có thể chỉ: * Phân loại hoá học * Phân loại học, ngành khoa học về cách xếp thể loại ## Sinh học * Phân loại khoa học trong sinh học
Các thổ dân ở [[Malawi, châu Phi.]] **Nhân học** (_anthropology_) là ngành khoa học nghiên cứu nhiều khía cạnh của loài người trong các xã hội quá khứ và hiện tại. Nhân loại học xã
**Bằng chứng về tổ tiên chung** đã được phát hiện bởi các nhà khoa học nghiên cứu trong nhiều ngành khoa học trong nhiều thế kỷ, đã chứng minh rằng tất cả các sinh vật
thumb|right|348x348px|Bìa của bài thơ có chủ đề tiến hóa của [[Erasmus Darwin, _Temple of Nature_ cho thấy một nữ thần vén bức màn bí ẩn của thiên nhiên (bên trong là Artemis). Tượng trưng và
nhỏ|400x400px| Một so sánh các khái niệm phát sinh gen và phenetic (dựa trên nhân vật) **Hệ thống hóa** sinh học (systematics) là việc nghiên cứu về sự đa dạng hóa các dạng sống, cả
**Vật chất tối sinh học** là một thuật ngữ không chính thức cho vật liệu di truyền chưa được phân loại hoặc được biết đến kém. Vật liệu di truyền này có thể đề cập
**Sinh vật lạp thể cổ** (danh pháp khoa học: **_Archaeplastida_** (hay **Plantae** _sensu lato_) là một nhóm chính trong sinh vật nhân chuẩn, bao gồm tảo đỏ (Rhodophyta), tảo lục (Chlorophyta và Charophyta), thực vật
nhỏ|300x300px|Các giai đoạn sớm nhất trong quá trình phát triển của phôi người: Phần đầu của phát triển cá thể ở người. nhỏ|300x300px|Các phần của một phôi người khoảng 60 ngày tuổi. **Phát triển cá
thumb|Mô hình [[Cây phát sinh hệ thống|cây tiến hóa cổ sinh do Ernst Haeckel đưa ra năm 1879. Lịch sử tiến hóa của các loài được mô tả như là một "cây" với nhiều chi
Trong phát sinh chủng loại học, **khóa** **lưỡng phân** (tiếng Anh: **single-access key**, **dichotomous key**, **sequential key**, **analytical key**, **pathway key**) là khóa nhận dạng (_Identification key_) trong đó trình tự và cấu trúc của
**Thằn lằn có cánh**, **thằn lằn bay** hay **dực long** là một nhóm bò sát biết bay thuộc nhánh/bộ **Pterosauria**. Chúng sống từ Kỷ Tam Điệp muộn đến cuối kỷ Phấn Trắng (cánh đây từ
nhỏ|265x265px|Bức tượng _[[Người suy tư_, Auguste Rodin|thế=]] Thuật ngữ "**Triết học phương Tây**" muốn đề cập đến các tư tưởng và những tác phẩm triết học của thế giới phương Tây. Về mặt lịch sử,
**Tin sinh học** (_bioinformatics_) là một lĩnh vực khoa học sử dụng các công nghệ của các ngành toán học ứng dụng, tin học, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ nhân tạo, hóa
**Mèo** (chính xác hơn là **mèo nhà ** để phân biệt với các loài trong họ Mèo khác) là động vật có vú, nhỏ nhắn và chuyên ăn thịt, sống chung với loài người, được
Những ngôi chùa của [[Wat Arun được xây dựng và sắp xếp để mô phỏng Vũ trụ Phật giáo]] **Vũ trụ học Phật giáo** là sự mô tả về hình dạng và sự tiến hóa
Trong _phát sinh chủng loài học_, một đơn vị phân loại được gọi là **đơn ngành** (_monophyly_, từ tiếng Hy Lạp μόνος: một và φυλή: dòng dõi, chủng loài, nghĩa là "của một chủng loài")
**Nhóm chỏm cây** (tiếng Anh: _crown group_) là một thuật ngữ sử dụng trong _phát sinh chủng loài học_. Nó là nhóm hay nhánh đơn ngành chứa tổ tiên chung gần nhất của tất cả
thumb|DNA ti thể là nhiễm sắc thể tròn nhỏ được tìm thấy bên trong ty thể thumb|right|Mô hình DNA ty thể của người. **DNA ty thể** (tiếng Anh: **mitochondrial DNA**, **mtDNA**) là DNA nằm trong
thumb|upright=1.5|Bức tranh sơn dầu miêu tả [[Claude Bernard, vị cha đẻ của sinh lý học hiện đại, bên cạnh các học trò của mình.]] **Sinh lý học** (, ; ) là một bộ môn khoa
[[Tội ác|Tội phạm - một dạng hiển nhiên của lệch lạc.]] **Sự lệch lạc**, hay còn gọi là **Sự lầm lạc**, **Hành vi lệch lạc**, (tiếng Anh: _deviance_ hoặc _deviant behavior_) là một khái niệm
Cảnh sinh hoạt của một gia đình **Xã hội hóa** là một khái niệm của nhân loại học và xã hội học được định nghĩa là _một quá trình tương tác xã hội kéo dài
Trong _phát sinh chủng loài học_, một nhóm phân loại các sinh vật được gọi là **cận ngành** (paraphyly, từ tiếng Hy Lạp _ παρά_ = gần, cận và _φυλή_ = chủng, loài) nếu như
Một **nhóm chị em** hoặc **đơn vị chị em** hay **loài tương cận** là một thuật ngữ phân loại học để chỉ những họ hàng gần nhất của một đơn vị trong cây phát sinh
**Họ Lan** (danh pháp khoa học: **Orchidaceae**) được nhiều nhà phân loại học phân chia khác nhau, liên tục thay đổi cả về sắp xếp và số lượng chi, loài. Nhà khoa học người Thụy
**Miêu tả theo nhánh học** là một cách tiếp cận để phân loại sinh học trong đó các sinh vật được phân nhóm lại với nhau dựa trên cơ sở dù chúng có hay không
**Thuyết nội cộng sinh** là một học thuyết tiến hóa đề cập đến nguồn gốc của các tế bào nhân chuẩn từ. Học thuyết này lần đầu tiên được đưa ra bởi nhà thực vật
**Động vật miệng nguyên sinh** hoặc **động vật nguyên khẩu** (danh pháp khoa học: **_Protostomia_**) (từ tiếng Hy Lạp: _miệng đầu tiên_) là một đơn vị phân loại (không phân hạng) nằm giữa siêu ngành
Bộ dưỡng trắng dành cho da dầu nhờn Detox BlancHằng ngày, làn da của chúng ta phải gánh chịu nhiều tác động từ ánh nắng, gió, bụi, môi trường ô nhiễm. Đặc biệt đối với
**Hệ thống ba vực** (tiếng Anh: _Three-domain system_) là phân loại của hình thức mạng sống tế bào do nhà vi sinh vật học và nhà vật lí học sinh vật quốc tịch Hoa Kỳ
nhỏ|Nghiên cứu phát triển **Nghiên cứu phát triển** (tiếng Anh: **Development studies**) là một nhánh liên ngành của khoa học xã hội. Nghiên cứu phát triển được cung cấp như một bằng thạc sĩ chuyên
nhỏ|Launcelot Harrison (1880 – 1928) nhỏ|Sơ đồ quy tắc Harrison: các vật chủ nhỏ chứa vật ký sinh nhỏ, vật chủ lớn chứa vật ký sinh lớn nhỏ|Sơ đồ quy tắc Harrison với sự bổ
**Hệ thống Thông tin Phân loại Tích hợp** (, được viết tắt là **ITIS**) là một đối tác được thiết kế để cung cấp các thông tin phù hợp và đáng tin cậy về phân
**Sinh vật lông roi sau** (danh pháp khoa học: **Opisthokonta**, từ tiếng Hy Lạp: _ὀπίσθιος_ (_opísthios_) = "hậu, sau" + _κοντός_ (_kontós_) = "sào, cột" nghĩa là "lông roi, tiên mao") là một nhóm rộng
Nước Hoa Hồng Thảo Dược Derladie Herbal Extract Toner 140ml- Thương hiệu: Derladie - Xuất xứ và sản xuất: Hàn Quốc- Dung tích: 140ml*** Thế giới Skinfood là đại lý phân phối chính thức thương
Theo cổ nhân loại học **phát tán hominin cổ khỏi châu Phi** là các quá trình phát tán của hominin cổ xưa ra khỏi châu Phi (được gọi theo tiếng Anh là **Out of Africa
thumb|Mô hình tiến hóa của [[Hominini và Gorillini trong 10 Ma đã qua. Quá trình lai trong Hominini được cho là diễn ra trong khoảng 8 đến 6 Ma.]] **Tổ tiên chung cuối cùng của
**_Myripristis tiki_** là một loài cá biển thuộc chi _Myripristis_ trong họ Cá sơn đá. Loài này được mô tả lần đầu tiên vào năm 1974. ## Từ nguyên Từ định danh bắt nguồn từ
Một **đối tượng toán học** là một đối tượng trừu tượng phát sinh trong toán học. Khái niệm này được nghiên cứu trong triết học toán học. Trong hoạt động toán học, một _đối tượng_